В сентябре климат в Малой Муксалма можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Малой Муксалма 12 дождливых, 12 пасмурных, 4 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в апреле, октябре и ноябре Малая Муксалма cчитается местом, некомфортным для посещения.