В сентябре климат в Малом Гангозеро можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Малом Гангозеро 13 пасмурных, 9 дождливых, 4 ясных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.