В сентябре климат в Мамыре можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Мамыре 12 дождливых, 7 ясных, 7 пасмурных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Мамырь cчитается местом, некомфортным для посещения.