В сентябре климат в Маргуше можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Маргуше 11 дождливых, 10 пасмурных, 5 ясных и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.