В сентябре климат в Маслозере можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Маслозере 12 дождливых, 12 пасмурных, 3 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Маслозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.