В сентябре климат в Мезенском можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Мезенском 15 пасмурных, 12 дождливых и 3 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и октябре Мезенское cчитается местом, некомфортным для посещения.