В сентябре климат в Мстёре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Мстёре 16 пасмурных, 6 дождливых, 5 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые.