В сентябре климат в Мышкине можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Мышкине 16 дождливых, 9 пасмурных, 4 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в апреле, октябре и ноябре Мышкин cчитается местом, некомфортным для посещения.