В сентябре климат в Навохоа можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 33 градуса тепла. В среднем в сентябре в Навохоа 20 ясных, 7 дождливых и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.