В июне климат в Новом Юшкозере можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 15 градусов тепла. В среднем в июне в Новом Юшкозере 16 дождливых, 5 ясных, 5 с переменной облачностью и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные. В июне, а также в январе, апреле, мае и сентябре Новое Юшкозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.