В сентябре климат в Паневежисе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Паневежисе 10 дней с переменной облачностью, 8 ясных, 7 дождливых и 5 пасмурных дней. Дожди преимущественно умеренные.