В сентябре климат в Протопоповке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 19 градусов тепла. В среднем в сентябре в Протопоповке 13 ясных, 13 с переменной облачностью и 4 дождливых дня. Дожди преимущественно умеренные.