В сентябре климат в Пудожгорском можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пудожгорском 16 дождливых, 8 пасмурных, 4 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в апреле, октябре и ноябре Пудожгорский cчитается местом, некомфортным для посещения.