В сентябре климат в Пуэрто-Аякучо можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 28 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пуэрто-Аякучо 29 дождливых и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Пуэрто-Аякучо cчитается местом, некомфортным для посещения.