В сентябре климат в Пустомытах можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 18 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пустомытах 12 дней с переменной облачностью, 10 ясных, 7 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые.