В июне климат в Пустозерском сельсовете можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 12 градусов тепла. В среднем в июне в Пустозерском сельсовете 15 дождливых, 11 пасмурных, 3 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В июне, а также в январе, феврале, мае и августе Пустозерский сельсовет cчитается местом, некомфортным для посещения.