В сентябре климат в Разъезде 39 можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 19 градусов тепла. В среднем в сентябре в Разъезде 39 17 ясных, 8 с переменной облачностью, 3 пасмурных и 2 дождливых дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Разъезд 39 cчитается местом, комфортным для посещения.