Сентябрь в Сан-Хуан-дель-Рио — самый пасмурный месяц в году. В сентябре климат в Сан-Хуан-дель-Рио можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 18 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Хуан-дель-Рио 24 дождливых, 3 пасмурных, 2 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в июле и августе Сан-Хуан-дель-Рио cчитается местом, некомфортным для посещения.