Июнь в Сан-Маркосе — самый пасмурный месяц в году. В июне климат в Сан-Маркосе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 23 градуса тепла. В среднем в июне в Сан-Маркосе 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в мае, июле, августе и сентябре Сан-Маркос cчитается местом, некомфортным для посещения.