В сентябре климат в Сан-Педро-де-Алькантара можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 23 градуса тепла. В среднем в сентябре в Сан-Педро-де-Алькантара 26 ясных, 3 дождливых и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в июне Сан-Педро-де-Алькантара cчитается местом, комфортным для посещения.