Июнь в Санкти-Спиритус — самый дождливый и пасмурный месяц в году. В июне климат в Санкти-Спиритус можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 31 градус тепла. В среднем в июне в Санкти-Спиритус 25 дождливых и 5 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в июле, августе, сентябре и октябре Санкти-Спиритус cчитается местом, некомфортным для посещения.