В июне климат в Сан-Хуан-Баутисте можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 22 градуса тепла. В среднем в июне в Сан-Хуан-Баутисте 29 ясных и 1 день с переменной облачностью. В июне, а также в июле, августе и сентябре Сан-Хуан-Баутиста cчитается местом, комфортным для посещения.