В сентябре климат в Сергееве-Щельях можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сергееве-Щельях 18 дождливых, 11 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Сергеево-Щелья cчитается местом, некомфортным для посещения.