В сентябре климат в Шестиозерском можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Шестиозерском 17 дождливых, 11 пасмурных, 1 ясный и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Шестиозерский cчитается местом, некомфортным для посещения.