В сентябре климат в Среднем Балтаево можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Среднем Балтаево 12 дождливых, 11 пасмурных, 5 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.