В сентябре климат в Среднем Пшалыме можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Среднем Пшалыме 18 дождливых, 7 пасмурных, 4 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Средний Пшалым cчитается местом, некомфортным для посещения.