В сентябре климат в Среднем Баскунчаке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Среднем Баскунчаке 17 ясных, 12 с переменной облачностью и дождливый день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в {{month_prep: феврале}} и {{month_prep: феврале}} Средний Баскунчак cчитается местом, комфортным для посещения.