В сентябре климат в Усть-Пустынке можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Усть-Пустынке 16 ясных, 10 дождливых и 4 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.