В сентябре климат в Устьянске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Устьянске 12 дождливых, 7 ясных, 6 пасмурных и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Устьянск cчитается местом, некомфортным для посещения.