В сентябре климат в Варганах можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Варганах 10 дней с переменной облачностью, 9 дождливых, 8 ясных и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые.