В сентябре климат в Верхнем Баксане можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Верхнем Баксане 21 дождливый, 8 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Верхний Баксан cчитается местом, некомфортным для посещения.