Мне кажется странной постановка вопроса. С иконологией связана яркая, но давно прошедшая эпоха в истории искусства. Универсальным этот метод вряд ли считали и те, кто его изобрёл. Люди, которые сейчас спорят об иконологии как о чём-то свежем и (для некоторых) подозрительном, сами вызывают подозрение: в курсе ли они, что за последние восемьдесят лет методология истории искусства, эмм, продолжала развиваться?
Вы спрашиваете, не искажают ли иконологи смысл произведений искусства. Понимаете, до 1930-х годов, когда появились первые труды по иконологии, исследователи вообще редко задумывались, что у художественных произведений есть смысл. Смысл художественного произведения видели просто в том, что оно красивое. Аби Варбург и его ученики первые заострили внимание на том, что красота это конечно важно, но хорошо бы ещё и понимать, кто на картинке нарисован. Для того времени это было прорывом.
Варбург, Панофский и другие историки этой школы — классики нашей науки, авторы многих книг, лауреаты многих премий, мировые знаменитости. Так что если вы думали, что иконология — эта псевдонаучное учение вроде телегонии, торсионных полей и тонких энергетических взаимодействий, будьте спокойны, это не так. Однако, повторю, это метод изобретён давно и исчерпал себя тоже давно. Из него выросли другие методы, социальная история искусства например. Современный историк искусства, вдруг решивший обратиться в своём исследовании к методу вот уже почти вековой давности, будет в глазах коллег выглядеть ну немного как фрик.