Создают ли протоны тепло, пройдя через вещество с большим кол-во протонов?

В веществе всегда много протонов, но они как раз и не причем. Протоны проходя через вещество взаимодействуют в основном с электронами, ионизируют вещество, а затем энергия ионизации превращается в тепло, излучение, химическую энергию.

Думаю, что на этот вопрос надо ответить положительно, рассматривая проходжение протонов через вещество как аналог электрического тока.  Протоны участвуют в сильном взаимодействии, только если им удачтся приблмзиться к ядрам вещества, чему противостоит электростатическоте отталкивание. Спин у проитона полуцелый, то есть , сверхпроводящих эффектов тоже ожидать не следует.

Тепло - это, если для школьника 5 класса объяснить, то это как атомы или (группы атомов - молекулы) трутся между собой. Это очень грубое сравнение. Один атом никак не может иметь температуры. НО!!! Один протон, пройдя через туеву хучу других протонов никак не создаст температуру. Протон может иметь кинетическую энергию, но ни как не температуру.