Кое минимальное количество атомов нужно изъять из клетки, чтобы она умерла? Какие именно это должны быть атомы?

Очень некорректный вопрос, имхо. Во первых клетка состоит не из атомов, а из молекул. И этих молекул до черта видов. Например - вода или хлорид натрия или фосфат...(что там у нас в АТФ?). Уберите кислород из воды и получите взрывоопасную ситуацию в виде свободного водорода. То есть давайте переиначим вопрос и будем изымать молекулы. Но и в этом случае вопрос остается бессмысленным. Количество молекул в клетке может быть самым разным. Природой это никак не регламентируется. Да и клетки бывают разных размеров. Например, куриное яйцо - это одна единственная клетка. Уберите хоть миллион молекул, и вряд ли это возымеет эффект. Особенно, если убирать будете из скорлупы.

можно даже не трогать клетку. Если убрать из её окружения, с внешней мембраны клетки, почти все заряженные ионы (катионы), то клетка погибнет, особенно нервная клетка, для которой потенциал на мембране важен и для выживания, и для проведения нервного импульса. Советую книгу "Как работает нейрон".