Каковы ограничения по учету в расходах вознаграждения управляющего-ИП?

Ответ на ваш вопрос зависит от системы налогообложения, которую применяет организация.
Так, при УСН перечень расходов, которые можно учесть при расчете налога, ограничен статьей 346.16 НК РФ. Расходы на управление в этом списке не указаны. Поэтому уменьшать доход на сумму вознаграждения управляющему-ИП нельзя.
При ОСНО каких-либо ограничений нет. Однако в этом случае договор управления не должен фактически подменять собой трудовой договор, а расчет вознаграждения должен быть экономически обоснованным и зависеть от фактического объема выполняемых работ.

Надо полагать, что управляющий у вас оформлен официально - договор, трудовая книжка, налоги и взносы и т.д.

Не слышал я о каких-то ограничениях, платите хоть 100 млн. рублей каждый месяц, но соблюдайте законы, с точки зрения налоговых органов и других фискалов.