Один из самых простых способов - это Checktrust, он показывает общий уровень доверия к сайту, алгоритм достаточно точен. Еще также применяется оценка через MOZ Rank, есть и другие способы. Общая идея в том, что обычно качественный ссылки - это ссылки с сайтов, у которых высокая посещаемость, хорошие позиции, есть много ссылок с надежных сайтов. Обычно плохая ссылка - ссылка с сайта, у которого низкая ссылочная масса, на сайте расставлено много спамных ссылок, или же ссылок, которые ведут на блокированные алгоритмом сайты( и не только).
Плохие ссылки или бесполезны или вредны, поэтому такие инструменты, как ЧекТраст очень популярны.