Вычеты по НДС - это сумма НДС, предъявленная к уплате поставщиками в составе стоимости товаров (работ/услуг). Например, купили товар на сумму 1200 руб., в т.ч. НДС - 200 р. (НДС к вычету - 200 руб.)
Вычетами они поименованы в Налоговом кодексе в связи с тем, что эти суммы вычитаются из суммы НДС, которую организация должна уплатить со своих продаж.
Возмещение НДС - это ситуация, когда НДС с продаж оказался меньше, чем сумма вычетов (например, купили дорогостоящее основное средство, в стоимости которого НДС составило значительную сумму). В этом случае НДС можно вернуть из бюджета.