Здравствуйте, а где вы заполняете 3-НДФЛ для ИП?
Если в личном кабинете налогоплательщика ФНС, то вы сами формируете показатели строк. Поэтому, по сути, проверка может быть ручной. То есть еще раз прошлись по регистрам, документам и т.д., определили сумму дохода и т.д.
Если вы заполняете 3-НДФЛ в своей программе (например, в 1С), то многие показатели будут сформированы автоматом (то есть будут вытянуты из данных, которые отражены в программе, например, доходы по основной деятельности ИП). То есть здесь правильность формирования показателей в 3-НДФЛ во многом зависит от того, что отражено в вашей программе.
И, конечно, не нужно забывать про контрольные соотношения для 3-НДФЛ, которые разрабатывает ФНС. Сейчас пока есть такие
соотношения за 2020 год. Но за 2021 год будет
новая форма 3-НДФЛ. Поэтому ожидаем новых контрольных соотношений.