Да, есть такая версия. Сценарий трилогии писали на протяжении 5-ти лет и (тогда ещё братья) Вачовски вносили изменения вплоть до съёмочного процесса. По одной из версий никакого хэппи-энда у «Матрицы» не было: Морфеус и Тринити погибали от «рук» машин, а Нео уничтожает их город, в т.ч. и Центральный компьютер. Однако после этого оказывается в «нулевой точке» Матрицы в начале ее новой, Седьмой версии. Архитектор открывает ему правду: Зион — на самом деле часть Матрицы, а не настоящий мир, своего рода «реальность внутри реальности». Потому что людям всегда нужен выбор и стремление к освобождению, поэтому была смоделирована эта вечная война людей с машинами, а на самом деле жители Зиона также содержаться в капсулах, как и все остальные.