Прежде всего, потому что автор так захотел. Если бы Анна сильно любила свою дочь, не мог бы состояться трагический финал, Анна не могла бы бросить малышку на произвол судьбы, не думая о ее будущем. В финале она удивительно равнодушна к дочери и даже не вспоминает о ней. Толстой, для которого главной в романе была "мысль семейная", хотел осудить женщину, которая дважды пренебрегла материнским долгом ради любовной страсти.
Психологически причины могли быть разными. Рождение Ани слишком тяжело далось матери, кроме того, глядя на нее, она каждый раз вспоминала другого ребенка - Сережу, и эти мысли вызывали у нее тоску и угрызения совести. Поэтому она подсознательно гнала от себя эти мысли и старалась больше проводить времени с любовником, а не с дочкой, которой занимались няни и кормилицы.