Понимали ли Габсбурги, что кровосмесительные браки — причина их некоторых «особенностей» и их наследников?

А что не так с наследниками? Это мы сейчас погуглили их древо, портреты Карла II - и ужаснулись, наиболее дотошные доходят до коэффициента имбридинга - и сокрушённо качают головой, ну разве так можно!

Высокая детская смертность - это норма для той эпохи (если дети не умирали в самом младенчестве, то далее причинами смерти в большинстве случаев становились оспа и прочие вирусные заболевания никак не связанные с наследственностью).

Психические проблемы, вероятнее всего, они унаследовали от португальской династии (мать Изабеллы I страдала некими расстройствами, затем, уже явно, её внучка Хуана Кастильская, внук Хуаны дон Карлос и тп).

А теперь посмотрим на рождаемость у Фердинанда I - 15 детей, большинство выжило; Максимильян II - 16 детей, его брат Карл - 15 детей, нормальное такое вырождение! Было и меньше детей, но и среди рожающих женщин смертность была высокая, потеряв супругу надо было ещё найти достойную претендентку, заключить договор, а иногда мужчины не вступали вторично в брак.

Внешность? Характерная губа или подбородок Габсбургов - допустим, Анна Австрийская считалась красавицей с этой самой губой.

А теперь ответ на вопрос почему вступали? Потому что женщины имели право на престол, потому что род разделил все владения между 2-мя основными ветвями, потому что подписали соглашение, что если прервётся один род ему наследует второй. Поэтому было важно за кого выйдет замуж старшая дочь, лучше, если за своего кузена из второй ветви Габсбургов, чтобы наследство не ушло чёрти кому. Поэтому идеальной была ситуация, когда испанский наследный принц женился на старшей дочери австрийского императора, а австрийский наследник - на старшей дочери испанского короля, остальные дочери могли уехать и в другие страны. Мария Тереза нарушила вековую традицию Габсбургов и вышла за муж за французского кузена, а не за австрийского, австрийский довольствовался её младшей сестрой Маргаритой. Так, испанский престол перешёл Бурбонам, правда после войны за испанское наследство.