Атрейдесы представляли сильную угрозу Императорскому трону. Поэтому уничтожить Верхушку Атрейдесов нужно было любыми способами. А цель Харконненов - снова заполучить контроль над добычей Пряности. Т.е. Если бы даже они и разрушили полностью Арракин, то спокойно перенесли бы столицу в другое место. Не суть. Да и сам Арракин они не полностью разбомбили, всеж старались подавить силы Атрейдесов. Единственный момент в фильме Вильнева, который мне стал непонятен, так это почему сардукары в имперской экипировке... В книге же, сардукары высадились в форме Харконненов и в форме Атрейдесов. Император боялся, что другие Дома прознают о его участии. Тем самым, они могли бы объединиться и пойти войной на его дом. Маловероятно, что Имперский Дом смог бы одержать победу. Поэтому нужно было быть максимально осторожным. Далее, после падения Верхушки Атрейдесов, сардукары в форме атрейдесов уничтожили Гильд-Банк, тем самым, все злодеяния скинули на них.
Хотя, увидеть сардукаров в фильме - было просто эпически круто. Видимо, условности и только. Да и лишний раз, порадовать фанов книг