Насколько я знаю, причины зарождения образа именно дурака в русских сказках достоверно неизвестны. Однако у этого персонажа есть ряд важных черт, которые срослись с традицией и, в отличие от этимологии прозвища, самим носителям фольклорной традиции были очевидны.
- Иван-дурак почти всегда – мнимый дурак. Обычно он находчив, проницателен, дальновиден, решителен. Возможно, именно эта неочевидная мудрость персонажа и стала залогом традиции называть его дураком в качестве выражения сквозной идеи сказок: важное в человеке скрыто; человека судят не по ярлыкам, а по поступкам.
- Косвенным подтверждением этому является нередкая антитеза главного героя братьям или противникам по нравственному принципу. Иван-дурак обычно альтруист и последний оплот нуждающихся в помощи. Кроме того, интересно сопоставить образ дурака с Иваном – коровьим сыном. Возможно, под «дураком» подразумевали ещё и простолюдина, на плечах которого держится общество.
- Кстати, про братьев. Именно младший сын становился героем сказок потому, вероятно, что по традиции он оставался с семьёй в доме родителей, а не строил свой. Конечно, он не поэтому дурак) Но он поэтому герой: главными рассказчиками историй были люди пожилые, и они воспевали подвиги того, на чью помощь в старости рассчитывали.
Отдельно скажу о любопытной версии, что сказочный дурак как-то связан с культурой «дурачества» скоморохов. Это не только были шуты, или, по-современному, стэндаперы, скоморохи являлись носителями сложной полурелигиозной (и, видимо, языческой) культуры, недаром говорили, что скоморох монаху не товарищ (кстати, иллюстрация этой вражды есть даже в «Андрее Рублёве» Тарковского). Однако я не знаю ни одного исследования на тему этой возможной связи, поэтому вставляю версию в качестве красивой гипотезы.