Имя Бафомет стало широко известно во время процессов над тамплиерами в XIV в. - их обвиняли в поклоении Бафомету, хотя само имя встречается также и в более ранних источниках, связанных с Крестовыми походами.
По наиболее распространённой версии, "Бафомет" - это искажённое прочтение имени Мухаммед. Таким образом, тамплиеров, по сути, обвиняли в том, что они восприняли элементы ислама, который воспринимался христианами того времени как форма идолопоклонничества, язычества. В понимании средневековых христиан, мусульмане поклонялись Мухаммеду как богу - примерно в этом и обвиняли тамплиеров.
Историки расходятся в том, насколько эти обвинения были оправданными. Не представляется слишком уж фантастическим, что в силу культурного взаимодействия некоторые тамплиеры могли воспринять если не элементы религии, то во всяком случае некоторые элементы ближневосточной культуры и философии того времени. Однако никаких подтверждений тому, что тамплиеры практиковали какие-то элементы ислама, у нас нет.
В XIX веке произошло несколько важных событий, которые сделали этот образ попуярным. Во-первых, французский оккультист Элифас Леви опубликовал своё знаменитое изображение рогатой фигуры с рогатой головой, отождествив Бафомета с козлом, которому ведьмы предположительно поклонялись на шабашах. Для Леви эта фигура была символом равновесия противоположностей, а также символом чистой вселенской энергии - "астрального света".
Одновременно с этим, в рамках культуры романтизма происходил процесс переосмысления и идеализации образов, которые ранее были демонически окрашены, в частности, ведьмы и дьявола как бунтаря и героя-романтика. Поскольку символом дьявола также считался козёл, фигура с козлиной головой приобрела новое измерение. Все эти элементы, в итоге, сплавились воедино в оккультной литературе, и образ Бафомета стал ассоциироваться с дикой природной энергией, инстинктами, сексуальностью. Отношение к нему того или иного автора, соответственно, варьировалось в зависимости от отношения к этим качествам.
Во второй половине ХХ века некоторые сатанинские группы взяли на вооружение осмысленную таким образом фигуру Бафомета, возведя её на пьедестал как символ жизненности и сексуальности, а также бунта против истеблишмента. Это связано с тем, что в сатанизме сакрализируется животное, биологическое начало в человеке, которое считается составляющим его подлинную природу, неоправданно подавляемую "пуританскими" религиями.