У меня нет достоверного ответа на этот вопрос, но захотелось порассуждать.
Я вижу в неприятии этого термина две причины.
Во-первых, когда вы говорите об "экологии", имея в виду окружающую среду или природу, можно услышать замечание, что "экология" - это наука, и использовать это слово в фразах типа "хорошая/плохая экология", "защищать экологию" и т.д. некорректно. Такое же отношение переносится и на производные от слова: экологический, экологически, эко-, эколог. И с этой точки зрения выражение "экологически чистый" бессмысленно, как было бы бессмысленно выражение "филологически чистый" или "географически чистый". Хотя мне приходит на ум ситуация, где такое выражение можно было бы употребить, - когда хотят сказать, что что-то относится только к данной научной дисциплине, без примеси других наук.
Однако такой подход я считаю неверным, потому что язык меняется, слова могут иметь несколько значений, приобретать новые и терять старые. Да, в
словаре Ожегова действительно указаны всего два значения "экологии": наука о взаимоотношениях организмов и окружающей среды и само это взаимоотношение. Однако в более современном
Большом толковом словаре Кузнецова появляется третье значение:
1. Природа и вообще среда обитания всего живого (обычно о плохом их состоянии). Заботы об экологии. Нарушенная э. Удручающее состояние экологии. Э. северо-запада России.
И вот мы видим то самое, "бытовое" употребление этого слова. А значит язык уже накопил достаточно примеров употребления "экологии" в данном значении, чтобы расширить свой смысл. Относиться к этому явлению можно по-разному, но игнорировать уже нельзя. На данном этапе развития языка говорить о неправильности такого значения уже некорректно.
Выражение "экологически чистый" в толковом словаре тоже есть - как пример употребления слова "чистый" в значении "не загрязнённый химическими или радиоактивными веществами": экологически чистые продукты. Соответственно, нам может не нравиться это выражение, но наше субъективное восприятие - не основание для запрета того, что уже настолько устоялось в русской речи, что попало в толковый словарь современного языка.
А теперь вторая причина, на мой взгляд, более интересная.
Если рассматривать это выражение в том смысле, какой дан в словаре, практически вся пищевая или косметическая продукция (к которой чаще всего применяется этот термин) является "экологически чистой" в том смысле, что она не загрязнена опасными химическими или радиоактивными веществами (точнее не содержит их в опасной концентрации). То есть в таком контексте выражение избыточно и теряет смысл, как и условная приписка "без ГМО"/ "без глютена" на пакете соли.
При этом в выражении "экологически чистый" есть что-то от магического мышления. Точнее от медицинской магии, один из основных принципов которой - идея очищения. Ведь когда какой-нибудь предмет называют "экологически чистым", подразумевают его безопасность и даже пользу прежде всего для человека. Что-то, что не навредит, а может даже поправит здоровье за счёт своей "чистоты". Так как в рамках медицинской магии болезнь - это засорение организма (шлаками, токсинами, химией, гноем, демонами и т.д.), "чистые" продукты - это и способ избежать болезнь, и способ вылечиться. Подробнее о медицинской магии можно почитать в книге Петра Талантова "0,05. Доказательная медицина от магии до поисков бессмертия".
Какой итог: выражение имеет право на существование, но в том контексте, в каком обычно употребляется, теряет смысл как избыточное и откровенно вводит в заблуждение, обещая избавление от проблем магическим способом.