Продавали одну квартиру, а купили другую. Это два разных объекта и это две разных операции — друг к другу не имеющие никакого отношения. Ну разве что могут попасть в одну налоговую декларацию, если у вас ещё есть право на вычет при покупке — полностью или частично.
Разница — это только при покупке одного объекта и продаже ЕГО же. Именно его же, а не новой, то есть совершенно другой квартиры. Но если вы уже проданную квартиру меньше трёх лет назад (с ваших слов) покупали, то для уменьшения налога (иногда до ноля) можете отнять от цены её продажи цену её покупки. Не той, которую купили потом!
Второй способ уменьшения налога — отнять от цены продажи один миллион рублей. Этот способ касается любых квартир: не только купленных, но и полученных в дар, по наследству, по приватизации и т. д.
Способ уменьшения налога (если первый тоже применим) — по вашему выбору. Ограничение: вы должны быть налоговым резидентом РФ.
Налоговую декларацию, даже если в результате вычета налог будет нулевым, подавать надо обязательно — в следующем году, до конца апреля.