Стоит ли покупать отдельные акции в дополнении к фондам акций?

Вообще ничего не мешает и не противоречит тому, чтобы наряду с фондом, где есть интересующая акция, приобрести ее отдельно.
Паи в ПИФах покупают в основном те, кто хочет диверсифицировать свой портфель, снизив риски инвестирования и доверяя управление профессионалам. Например, акции “Газпрома” предлагают в составе некоторых консервативных ПИФов, но это не помешает пополнить ими портфель самостоятельно.
К тому же некоторые акции настолько дорогие, что небольшим неквалифицированным инвесторам удобнее приобрести только часть бумаги в составе ПИФа.
Строгую рекомендацию, стоит или нет, дать не можем. Чтобы принять решение, изучите структуру и размер вашего портфеля, оцените компанию и характер движения бумаги во времени (скачкообразный рост или наоборот, плавный). Помните, что если акции просядут, вы понесете все риски, если будете владельцем акций компании напрямую, а если иметь их в составе ПИФа, то за счет остальных можно нивелировать риски.

Не вижу здесь никаких противоречий. Ваш портфель - это тетрис, который вы собираете, исходя из своей стратегии. В нем могут быть и облигации, и акции, и фонды. Главное - делайте все приобретения, учитывая всевозможные риски.