Начните с Центрального архива ФСБ. Личные дела сотрудников НКВД хранятся в Омском управлении, но ваш запрос, если что, перешлют.
Также напишите в ГИАЦ МВД, архив Погранслужбы, Российский государственный военный архив (там хранятся дела части сотрудников НКВД, в частности тех, кто занимался депортациями) и Центральный архив Министерства обороны. Можете написать сразу во все места: например, человек сначала служил в РККА, а после демобилизации подался в НКВД. Будет два личных дела разных периодов в разных архивах.