Сложный вопрос. Греция один из примеров "итальянского проклятья", когда огромное количество объектов наследия мешает его качественной презентации и интерпретации. Так что музеи там в среднем слабее европейских.
Три музея, которые, по моему мнению, стоит посмотреть в любом случае.
Музей Акрополя. Мимо него сложно пройти, и даже без фризов Парфенона, для которых он и строился, он впечатляет.
Музей кикладского искусства. Очень стильная экспозиция о доклассическом периоде греческой истории.
Музей исламского искусства Бенаки.
Бонус: Морской музей в Пирее. Интересная архитектура и повод проехаться до порта)