Скрупулёзный — пишется через «скру...», потому что первоисточником выступает латинское scrupulosus, scrupulus (маленький острый камешек). А напрямую заимствовано предположительно из французского scrupuleux. Скрупул (опять-таки от scrupulus) — античная весовая единица, равная 1/24 унции или 1/288 либры (что соответствует 1,137 г).
В качестве ассоциации можно вспомнить слово «крупа».
Кардинальный — пишется через «а», потому что от латинского cardinalis (главнейший, важнейший) и французского cardinal. Поэтому меры могут быть только кардинальными. Исторически родственное слово — кардинал.